在不断变化的疫情形势下改善COVID监测

新一代测序（NGS）可用于识别聚集性疫情，预测传播途径，监测给定社区中COVID-9的传播情况。NGS可识别更具传染性的毒株以及PCR诊断的风险——NGS可确定可能造成假阴性检测结果的毒株，基因测序识别变异株出现“免疫逃逸”的风险。

　　“几乎每天都有新的变异出现。这些新的变异继续改变疫情形势，因此快速行动，正确应对非常重要，”Illumina副总裁，著名科学家Gary Schroth说。“不断演变的威胁需要不断改善的解决方案。”

　　行业领先的生物技术公司例如Illumina以及像Aegis公司的实验室与CDC和公共卫生合作组织SPHERES（SARS-CoV-2 Sequencing for Public Health Emergency Response,Epidemiology,and Surveillance）建立了合作伙伴关系。Illumina和Aegis是合作解决这一公共卫生危机的500家公共机构和私人机构之一。合作成员讨论的主题包括检测方法、软件解决方案、废水测序和技术设计。

　　突变可能会影响基于扩增子的检测中的引物结合位点，例如COVIDSeq。这种情况发生时，引物可能失去扩增该序列的效率，造成覆盖度、均一性降低，甚至对基因组某些区域的覆盖出现缺口。

　　“我们的检测性能依赖于我们可以获取的检测耗材和试剂，”Hardison说。“因为Illumina帮助我们迅速提高检测效率，与他们合作改进检测性能是水到渠成的事。

　　“Illumina当时在开发新的引物集，我们与Aegis的团队合作测试新的引物，”Schroth说。“Aegis用两个引物集对数百个样本进行了测序，然后比较了数据。我们合作分析发现新的引物集的性能显著提高，特别是对于德尔塔变异株。”

　　Aegis的NGS团队最初主要关注高CT（循环阈值）值的阳性样本，它提示具有较低的病毒载量。正是这些样本造成了大部分漏检。“利用新的引物集，我们发现对高CT值样本的检测性能提高约40%至50%，”Hardison说。“这将极大地帮助我们向CDC提供更多关于阳性样本的数据。”

　　新推出的COVIDSeq™v4引物池可提供用于SARS-CoV-2扩增的最新ARTIC v4引物集。该引物集可提高SARS-CoV-2全基因组测序的覆盖度，减少病毒基因组缺口。从而提高变异识别精确度，促进发现新变种。

　　“当我们可以向CDC提供更高质量的数据时，我们便可以更好更及时地跟踪全球新出现的变异，”Hardison说。